화면 중앙에는 성 베드로가 두 손을 모아 기도하는 모습으로 묘사되어 있습니다. 희어진 수염과 깊은 눈매, 길게 표현된 얼굴과 목은 엘 그레코 특유의 영적인 인물 표현을 보여 줍니다. 성인은 황갈색 망토와 푸른색 옷을 걸치고 있으며, 고개를 들어 하늘을 바라보고 있습니다. 그의 표정에는 깊은 회한과 간절한 기도가 담겨 있으며, 하느님의 자비를 갈망하는 마음이 드러납니다. 오른쪽 아래에는 두 개의 열쇠가 보입니다. 이는 성 베드로를 상징하는 대표적인 도상으로, 그리스도께서 맡기신 천국 열쇠의 권한을 의미합니다. 배경에는 바위와 나뭇가지가 보이며, 왼편에는 밝은 색의 작은 형상이 희미하게 표현되어 있습니다. 다만 현재 이미지에서는 그 형상의 정체를 명확히 식별하기 어렵습니다. 전체적으로 어두운 배경 속에서 성인의 얼굴과 손, 의복만이 밝게 드러나며 강한 영적 분위기를 형성하고 있습니다.

이 작품은 예수님을 세 번 부인한 뒤 깊은 회개의 삶을 살았던 성 베드로를 묘사한 엘 그레코의 대표적인 참회 성화 가운데 하나입니다. 화가는 역사적 사건을 재현하기보다, 회개하는 영혼의 내면과 하느님의 자비를 갈망하는 인간의 모습을 표현하는 데 집중하고 있습니다. 엘 그레코 특유의 매너리즘 양식은 현실적인 인체 비례보다 영적인 감정을 우선시합니다. 길게 늘어진 목과 얼굴, 위를 향한 시선은 성인의 영혼이 하느님을 향해 끊임없이 올라가는 모습을 상징적으로 드러냅니다. 화면 아래의 열쇠는 성 베드로에게 맡겨진 사도적 권위와 교회의 반석이라는 사명을 상징합니다. 그러나 화가는 열쇠보다 기도하는 성인의 모습에 더 큰 비중을 두고 있습니다. 이는 교회의 권위조차도 하느님 앞에 겸손히 무릎 꿇는 신앙 위에 세워져 있음을 보여 줍니다. 어두운 배경 속에서 밝게 드러나는 얼굴과 손은 회개를 통해 은총으로 나아가는 영혼의 여정을 상징합니다. 베드로는 자신의 약함과 실패를 경험한 사람이었지만, 바로 그 회개를 통해 더욱 위대한 사도로 성장하였습니다. 이 성화는 인간의 연약함보다 더 큰 하느님의 자비를 묵상하게 하며, 실패 속에서도 다시 일어설 수 있다는 희망의 메시지를 전해 주고 있습니다.