화면에는 성 프란치스코가 어둠 속에서 하늘을 바라보는 모습이 그려져 있습니다. 성인은 두건이 달린 수도복을 입고 있으며, 얼굴과 손은 차가운 빛을 받아 강하게 드러납니다. 왼쪽 위에는 십자가에 못 박힌 그리스도의 형상이 빛 속에 나타나 있습니다. 성 프란치스코는 그 환시를 향해 손을 들어 올리고 있으며, 그의 몸짓은 놀라움과 경외, 깊은 신앙적 응답을 함께 보여 줍니다. 성인의 손에는 성흔이 보입니다. 이는 그가 그리스도의 수난을 묵상하는 데 그치지 않고, 그 고통과 사랑에 신비롭게 동참했음을 상징합니다. 어둡고 거친 배경, 불안정한 빛의 흐름, 길게 늘어난 성인의 얼굴과 손은 엘 그레코 특유의 영적 긴장과 초월적 분위기를 잘 드러냅니다.

작가는 성 프란치스코의 성흔 사건을 외적인 기적보다 내면의 신비 체험으로 표현하였습니다. 성인의 시선은 오직 십자가의 그리스도에게 향해 있으며, 어둠 속에서 비쳐 오는 빛은 인간의 고통 속으로 들어오는 하느님의 은총을 상징합니다. 이 작품에서 성흔은 단순한 상처가 아니라 그리스도와의 깊은 일치를 나타냅니다. 성 프란치스코는 십자가의 고통을 멀리서 바라보는 사람이 아니라, 그 사랑을 자신의 몸과 삶 안에 받아들인 성인으로 제시됩니다. 엘 그레코는 현실적인 공간보다 영혼의 움직임을 강조합니다. 긴장된 손짓과 위로 향한 얼굴은 성 프란치스코가 세상의 어둠을 넘어 하느님의 신비 안으로 들어가고 있음을 보여 줍니다. 이 성화는 십자가를 향한 사랑이 신자를 변화시키고, 고통까지도 하느님과 일치하는 길이 될 수 있음을 묵상하게 합니다. 성 프란치스코의 모습은 그리스도를 닮는 삶이 말이나 생각에 머무르지 않고, 온 존재로 응답하는 사랑임을 조용히 일깨워 줍니다.